El coro alto era imprescindible para alojar al numeroso conjunto de eclesiásticos que estaban vinculados al santuario en la Baja Edad Media. En la monumental y profunda tribuna que ocupa todo el tramo occidental destaca la finura y elegancia del antepecho o balaustrada, calado con bellas tracerías pétreas con dobles tetralóbulos y florones.

Alineados sobre los pilares intermedios del pretil, dos ángeles ceroferarios decoraban los atriles que debían soportar los grandes libros del coro. Es una pena que hayan perdido sus alas, ya que son dos esculturas de gran virtuosismo y elegancia. Además, conservan su policromía original. Desde lo alto, a la vista del interior y su definición arquitectónica vamos a recrear durante unos minutos la historia del santuario, desde la leyenda a la arqueología.

La historia legendaria de la fundación del santuario de Santa María de Ujué fue compuesta, como otras muchas tradiciones similares, a partir del siglo XVI. Tal y como nos la cuenta Moret, se puede resumir así: «Andaba por aquella aspereza de la sierra un pastor apacentando su ganado; y reparó diferentes veces que una paloma entraba y salía con gran frecuencia por el agujero de un gran peñasco. (…)”. El zagal intentó espantarla en varias ocasiones, pero la paloma no abandonaba la entrada de la cueva. Intrigado, se acercó a la oscuridad de la gruta, descubriendo en su interior la imagen de Santa María. Permanecía “escondida allí, según parece, por los cristianos fugitivos en la primera entrada grande de los moros”. Tras orar ante la imagen, bajó de los riscos para informar de su hallazgo a otros pastores y aldeanos del llano. Subieron hasta la escarpadura y allí se postraron ante la Virgen y la paloma, que seguía a sus pies. Algunos ya no bajaron y decidieron quedarse a vivir en torno al gran peñasco “donde, cortado a hierro, se labró después la hermosa y sumptuosa fábrica del templo que vemos hoy”. Y la Virgen, agradecida, comenzó a favorecerlos con tantas maravillas que la nueva fundación pronto atrajo a todos los moradores del entorno. Y termina la narración piadosa con el nombre de la nueva población. Los nuevos moradores nombraron el lugar como Santa María de Uxua (paloma en euskera) en recuerdo de aquella paloma que señaló el milagroso escondrijo de la imagen mariana.

Las excavaciones arqueológicas realizadas entre 2007 y 2008 en el marco de la última restauración reconstruyen el proceso de fundación del santuario de un modo bastante diferente. Bajo el nivel del pavimento románico de la cabecera, los trabajos alcanzaron la roca madre de la montaña sagrada. El santuario comenzó entre los siglos V y VII con una pequeña construcción alrededor de la cual se van colocando diversas tumbas fechadas entre los siglos IX y XI. Después, sobre este edificio y las tumbas se levanta una iglesia con 3 ábsides planos hacia el siglo XX. Por último se construye la cabecera románica actual del Siglo XI.