Vamos a fijarnos ahora en varios elementos que se ven muy bien desde el coro. Si nos fijamos en los encuentros de los tres tramos de crucería observamos tres magníficas claves. Las dos más cercanas van policromadas y su contenido es religioso. Sobre nuestras cabezas vemos otra vez la representación de la Virgen con el Niño. Parece especialmente significativo que el primer tramo construido del nuevo edificio gótico, remate su capiella con la representación de la titular del templo. Le sigue la representación del Pantocrátor, síntesis de la imagen de Cristo-Dios rodeado del tetramorfos.

Vamos a fijarnos un poco más en la última clave. Muestra por tres veces las armas de Navarra y Francia. El escudo más grande ocupa todo el disco de la pieza, lleva corona y va acompañado por dos palomas, una a cada lado. La labra de la pieza es firme y detallada. Recientemente se ha descubierto que Carlos II utilizó estas armas desde mediados de 1363 hasta finales de 1364, por lo tanto nos da una fecha para el final de la obra gótica. Transmite también la íntima vinculación de Carlos II con las uxoak de la Virgen, con las palomas del origen legendario del santuario, cuyo relato ya estaría perfectamente fijado en el siglo XIV.

El coro conserva dos piezas relevantes de su mobiliario: la sillería y el facistol. Los sitiales se decoran con bellos paneles de nogal tallados con bajo relieves. Fue realizado a finales del siglo XVIII.

Si caminamos unos pasos hacia el muro norte vamos a descubrir otro de los tesoros que sacó a la luz pública la última restauración.