Como es habitual en el románico pleno, de los tres ábsides semicirculares y alineados que integran la cabecera, el central es el espacio más articulado y decorado. Se divide en dos niveles: el inferior consta de zócalo liso y arquería ciega sobre la moldura. Los tres arcos apean sobre dos pares de columnillas centrales que a su vez enmarcan la ventana axial. Sobre el muro cilíndrico se coloca una bóveda de horno muy rehecha durante la restauración de los años cincuenta del siglo pasado. Los ábsides laterales simplifican la estructura obviando la arquería.

En general, los capiteles muestran un repertorio decorativo variado, aunque tratado de forma sumaria y un tanto tosca. Se adivinan ya las figuras de águilas en esquina con las garras en el collarino que serán tan frecuentes en el románico navarro de la primera mitad del siglo XII. Aparecen también cabezas en ángulo con grandes manos, personajes entre tallos entrelazados. Y destacan las molduras decoradas con elaboradas hojas de vid y racimos de uvas, relacionables sobre todo con la eucaristía y su liturgia.
Vamos a dejar las capillas de la cabecera para desplazarnos hacia la zona de los pies, hacia las arcadas góticas del sotacoro, por debajo del gran coro radiante