Antes de seguir adelante con la visita, merece la pena sentarnos unos minutos en uno de los bancos del centro de la nave para observar los elementos que caracterizan un espacio sorprendente y único. Verdaderamente no es fácil de entender. Nos encontramos en el interior de una gran nave única gótica. Sus dimensiones son magníficas, con más de 15 metros de anchura y casi 20 de altura. Son tres los tramos de airosas bóvedas de crucería.

Si nos volvemos hacia los pies de la iglesia, hacia el oeste, destaca un enorme coro gótico, con un sotacoro inferior dividido en tres naves. Si miramos hacia el otro lado, hacia la cabecera, las formas y la escala cambian de manera sorprendente. Observamos tres ábsides románicos de mucha menor altura que la nave. En su interior las pesadas bóvedas de cañón y horno determinan un espacio un tanto angosto y oscuro. En el centro del ábside central la imagen de la Virgen de Ujué, titular del templo, adquiere una presencia determinante.

Lógicamente, la parte más antigua del edificio es la cabecera. En 1089 el rey de Aragón y Pamplona Sancho Ramírez declara que «con plena libertad y espontaneidad, edificamos la iglesia de la Madre de Dios, Santa María de Ujué con sus diezmos, primicias, oblaciones, y con todos sus derechos íntegros, con el fin de que sean para el servicio de Dios y de su Madre Santa María». Es el principio de la monumentalización del santuario tal y como hoy la conocemos.

La cabecera románica está formada por tres ábsides semicirculares prácticamente alineados. Leire parece estar en el sustrato de esta propuesta. Aunque en la actualidad los vemos muy restaurados, conservan buena parte de los elementos decorativos originales. Estos se alejan del modelo de Leyre, para evocar ya ecos de la catedral de Jaca. Tras los ábsides sólo se ha conservado un tramo de las naves. Por las huellas de perfiles apuntados que vemos sobre el imponente muro erigido para unir la parte gótica con la románica, podemos deducir que el templo continuó con tres naves que completarían el edificio, conforme avanzaban los siglos XII y XIII.

El santuario de Santa María de Ujué se va consolidando como una referencia devocional de la Navarra media. La obra de Ujué cuenta con abundantes donaciones y fondos. Es muy probable que, a principios del siglo XIV, el monasterio de Montearagón y el obispado de Pamplona estén interesados en que el santuario se monumentalice, extienda su brillo y atraiga a más fieles. No olvidemos que ambas instituciones recibían buena parte de los rendimientos y oblaciones que los fieles depositaban a los pies de Santa María.

Entonces se decide erigir una nueva iglesia de mayores dimensiones y monumentalidad en un lenguaje artístico gótico radiante. En este momento se estaba construyendo el claustro de la catedral de Pamplona. La parcela se amplía por la zona de los pies. Como el espacio de la cima de la montaña se acaba, se añaden potentes cimentaciones y unos robustísimos contrafuertes para sustentar el tramo de los pies de la iglesia. Las obras van a avanzar lentamente «capiella a capiella», lográndose construir tres tramos. Se llega a iniciar el cuarto, que debería sustituir ya al tramo de naves románicas que hoy contemplamos. Nos encontramos en el último tercio del siglo XIV. Para concluir el proyecto gótico, era necesario derribar la cabecera románica. Sólo así se podía concluir la nueva y espectacular estructura gótica.

Pero entonces llega la terrible peste negra de 1348. Se calcula que Navarra perdió al menos un tercio de su población y la economía del reino se resiente. Los ingresos de la obrería se van a ir reduciendo de manera progresiva. Y lo que quedaba por hacer era mucho. Quizá ya a fines del siglo XIV se decide descartar el proyecto de cabecera gótica y fundir la obra gótica con la románica. Para ello se cierra la luz de la gran bóveda gótica con un enorme muro que apea sobre las bóvedas románicas de la cabecera. El santuario se da por concluido. La última clave, la más oriental, lleva las armas de Ramón de Sellán abad de Montearagón entre 1359 y 1391. Es muy probable que fuera colocada antes de 1385, año en el que los abades de Montearagón pierden definitivamente la titularidad del santuario en beneficio del obispo de Pamplona. Un año después fallece Carlos II que junto a su familia llevaba años aportando recursos para el desarrollo del nuevo templo.

Nos vamos a desplazar ahora hacia la reja de la cabecera, para acceder a la capilla mayor, centro neurálgico del contenido religioso e histórico del edificio.