Casi al final del pasaje, ya en la cara norte del edificio, tras una balconada metálica, se conservan a nuestros pies las ruinas de un gran edificio rectangular y longitudinal. Se trata de la «Universidad» o Estudio General cuya construcción financió y promovió desde 1376 el rey Carlos II. Se ha conservado la documentación que precisa los gastos y otras circunstancias de su proceso constructivo hasta 1379. Hay que tener en cuenta que todos los gastos de la casa real eran consignados ya entonces en la documentación de la Cámara de Comptos, institución que todavía hoy fiscaliza las cuentas del Gobierno de Navarra.

El proyecto contemplaba la edificación de un amplio cuerpo rectangular dividido en dos niveles, de los que el inferior ha sido identificado como cocina, bodega y refectorio. Sobre arcos diafragma se situaría el forjado del piso superior, cuya altura viene dada por la acanaladura horizontal que surca los muros perimetrales. Quizá este nivel estaría destinado a dormitorio de los estudiantes. Vemos que cuando la arquitectura gótica debía ser práctica, se preocupaba de lo rigurosamente estructural, levantando edificios desornamentados que reproducen los sistemas constructivos de los grandes complejos monásticos cistercienses o mendicantes.

Da la impresión de que la obra no se llegó a concluir en tiempo de Carlos II. Las crónicas achacan la suspensión de los trabajos a la derrota del rey en la guerra contra Francia y Castilla, certificada por el tratado de Briones de 1379. No obstante, las diversas huellas de techumbres y mechinales sobre los muros altos parecen indicar que finalmente el edificio, de una forma u otra, se completó. Podemos suponer que durante la Edad Moderna el caserón quedaría primero en desuso, y después definitivamente arruinado.