La monumentalité et la beauté de la zone des travées révèlent clairement l’engagement artistique du projet gothique. Le grand volume construit est divisé en deux niveaux par une dalle soutenue par trois sections de croisée d’ogives.

Les sculptures monumentales qui décorent les corbeaux des fenêtres du sous-chœur ainsi que les clés de voûte des trois travées sont particulièrement intéressantes. Les premières sont ornées de décorations végétales profondément sculptées et détaillées, de caractère pleinement plastique et naturaliste. Les plus élaborées sont également ornementées d’animaux. L’œuvre sculpturale la plus mystérieuse et suggestive, et peut-être l’une des plus troublantes de cette partie du temple, est une tête de femme, souffrante, bouche entrouverte, avec de grands yeux en amande. En guise de coiffe, elle porte deux tonneaux de vin noués autour du cou. La signification ultime de cette image nous échappe. Parmi les clefs de voûte, celle de l’Agnus Dei, au centre, est magnifique. L’animale y est flanqué d’un aigle de saint Jean et d’un homme vert, le premier d’une longue série de femmes et d’hommes végétaux visibles dans différentes parties du sanctuaire.
En observant attentivement les murs du pignon ouest, autour des fenêtres, on peut encore distinguer des traces de guirlandes ainsi que des inscriptions en lettres noires. Il s’agit des motifs décoratifs utilisés pour préparer l’église aux funérailles du roi Charles II, décédé, comme nous le savons, en 1386. Ces funérailles se déroulèrent dans les trois sanctuaires navarrais qui accueillirent sa dépouille mortelle : Ujué, Roncevaux et Pampelune. La documentation confirme que les maîtres Jean Oliver, Jimeno Górriz, Alfonso et Ferrando furent chargés de les décorer avec « 300 grands blasons en papier, 200 blason de taille moyenne et 200 autres de petite taille, peints en couleurs simples, sans argent ni or, et reliés entre eux par de généreuses guirlandes noires ».
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